Mustafa Kemal, başarılı bir öğrenciydi. Manastır Askeri İdadisi’ni bitirdikten sonra 13 Mart 1899 tarihinde İstanbul’da Harp Okulu’na girdi. İstibdat karşıtı ilk siyasi fikirlerle burada tanıştı. Bu fikirler, 1902 yılında girdiği Erkân-ı Harbiye’de (Harp Akademisi) daha da olgunlaştı. Askerlik derslerinin yanında matematiğe, edebiyata ve güzel söz söylemeye karşı da merakı ve eğilimi vardı. Harbiye’de ve Harp Akademisi’nde, memleket ve millet davaları ile ilgilenmesi, düşüncelerini cesaretle ifade etmesi nedeniyle aydın ve inkılapçı bir subay olarak tanınmıştı. Mustafa Kemal, Harp Akademisi’ndeki bu faaliyetlerini şöyle anlatmıştır: Her günkü derslere iyi çalışıyordum. Bunların dışında bende ve bazı arkadaşlarımda yeni düşünceler belirmeye başladı. Yurdun yönetiminde ve siyasasında fenalıklar olduğunu görüyorduk. Binlerce kişiden oluşan Harp Okulu öğrencilerine düşüncelerimizi anlatmak isteğiyle, öğrenciler arasında okunmak üzere el yazısı ile bir gazete çıkarmaya başladık. Sınıf içinde ufak bir örgütümüz vardı. Ben de yönetiminde idim. Gazetenin yazılarını çoğu kez ben yazıyordum. Onun bu faaliyetleri okul yönetiminin gözünden kaçmamıştı. Devir istibdat devriydi ve bu davranışları aleyhine olabilirdi. Ancak çok sevilen bir öğrenci olması, düşüncelerinde samimi oluşu ve Okul Müdürü Rıza Paşa’nın toleranslı tutumu sayesinde okuluna devam edebildi. 11 Ocak 1905 tarihinde, kurmay yüzbaşı rütbesiyle Harp Akademisi’nden mezun oldu. Ancak mezuniyetini izleyen günlerde Abdülhamid aleyhine düşünceleri ve faaliyetleri nedeniyle şüphe çekerek birkaç ay İstanbul’da tutuklu kaldı; sonra da bir çeşit sürgün olarak 5 Şubat 1905 tarihinde Şam’a atandı.