İstanbul Hükümeti, Anadolu’daki faaliyetleri nedeniyle defalarca İstanbul’a çağırdığı Mustafa Kemal Paşa’nın bu emre uymaması nedeniyle, 8 Temmuz 1919 tarihinde onu 3. Ordu müfettişliğinden azlettiğini bildirdi. Bunun üzerine Mustafa Kemal Paşa da, aynı gece hem resmi görevinden hem de askerlik mesleğinden istifa etti. Artık Mustafa Kemal, sivil bir vatandaş olarak tüm askeri yetkilerinden mahrum kalmıştı. Buna rağmen ertesi gün onu ziyaret eden Kâzım Karabekir Paşa, “Ben ve Kolordum emrinizdeyiz. Bundan sonra dahi ne emirleriniz varsa yerine getirmeyi şeref bilirim,” sözleriyle tam desteğini sürdürdü. Kâzım Karabekir’in bu tutumu, Kurtuluş Savaşı’nın seyri üzerinde belirleyici bir rol oynadı. İstanbul hükümeti, Erzurum Kongresi’ni toplayan Mustafa Kemal’in yakalanması için 25 Temmuz’da Sivas Valisi Reşit Paşa’ya, 30 Temmuz’da da Kâzım Karabekir Paşa’ya talimat verdi. Emir açıktı. Buna rağmen Kâzım Karabekir Paşa, Harbiye Nazırı’na şu tarihi yanıtı verdi: Mustafa Kemal Paşa gibi memlekette namusu ile ve parlak askeri hizmetleri ve vatanperverliği ile tanınmış ve bütün askerlerin de pek ziyade özel hürmetini kazanmış ve özellikle henüz yirmi gün evvel memleketin yarısına kumanda etmiş olan, hal ve hareketlerinde vatani ve milli menfaatlere aykırı bir şey olmayan bir zatın tutuklanmasına bir kanuni sebep olmayacağı ve yukarıda arz ettiği durum dolayısıyla halk ve ordu nazarında da iyi bir hareket olarak görülmeyeceği cihetle, Mustafa Kemal Paşa’nın tutuklanmasına ve Kolordu olarak da bunun için yardımda bulunulmasına hal ve vaziyetin katiyen müsait olmadığını arz ederim.