Amasya Genelgesi’ne göre Erzurum Kongresi’nin 10 Temmuz’da toplanması gerekiyordu. Fakat bazı delegelerin Erzurum’a gelmesinde yaşanan zorluklar nedeniyle kongre 23 Temmuz 1919’da toplanabildi. Eski İdadi Mektebi binasında yapılan kongreye Erzurum, Trabzon, Sivas, Bitlis ve Van’dan 56 delege katıldı. Elazığ, Diyarbakır ve Mardin’den seçilen delegelerin gelmesi ise Elazığ Valisi Ali Galip tarafından engellendi. Kongrenin açılışından sonra yapılan oylamada Mustafa Kemal Paşa başkanlığa seçildi. İki hafta süren Kongre, bazı bakımlardan önemli sonuçlar verdi. Mahalli bir kongre olarak toplanmasına karşın alınan kararlar tüm yurdu ilgilendirdiği için milli bir program niteliğindeydi. Kongre sonunda 7 Ağustos 1919’da yayımlanan bildiri, vatanın milli sınırlar içinde bir bütün olduğunu ve parçalanamayacağını belirtiyor, ülkenin bütünlüğünün ve ulusal bağımsızlığın sağlanması için ulusal gücün egemen kılınacağını bildiriyordu. Bildiride manda ve himaye görüşleri tümüyle reddediliyordu. “Kuvayı Milliye’yi etkili, milli iradeyi hâkim kılmak esastır” denilen kongrede, ulusal vicdandan doğan derneklerin birleştirilmesiyle “Şarki Anadolu Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti” kuruluyordu. Kongre kararlarından en dikkat çekici olanı, İstanbul Hükümeti’nin vatanın bağımsızlığını sağlayamaması halinde geçici bir hükümetin kurulmasına olanak sağlanması; yani vatanı savunmak için bir mücadeleye girişilmesi düşüncesinin ortaya konulmasıydı. Bu devrimci görevi yerine getirecek olan Heyet-i Temsiliye de Erzurum Kongresi sonucunda oluşturulmuş ve başkanlığına yine Mustafa Kemal seçilmişti.