Mustafa Kemal Paşa, Samsun’a çıktıktan sonra hızla Anadolu ve Rumeli’deki dağınık ve birbirinden kopuk direniş hareketlerini birleştirme çalışmalarına başladı. Fakat Samsun böyle bir çalışmayı sürdürmek için yeterince güvenli değildi. Bu nedenle 25 Mayıs’ta Havza’ya, 11 Haziran’da da Amasya’ya geçti. Amacı, bir an önce yeni bir yönetim oluşturmak için tüm vilayetlerden gelecek delegelerin katılımıyla bir kongre toplamaktı. Mustafa Kemal, bu amaçla, “Amasya Genelgesi” olarak tarihe geçen bir bildiri hazırladı. Bildiri, Amasya’ya gelmiş bulunan Rauf Bey (Orbay), Ali Fuat Paşa (Cebesoy) ve Refet Bey (Bele) tarafından da imzalandı. Bir bakıma İstanbul’dan kopuşu temsil eden ve tam bağımsız bir Türkiye’nin temellerini oluşturmaya yönelik ilk kuruluş belgesi olan Amasya Genelgesi’nin başlıca noktaları şöyleydi: - Vatanın bütünlüğü, milletin bağımsızlığı tehlikededir. - İstanbul’daki hükümet, üzerine aldığı sorumluluğun gereğini yerine getirememektedir. Bu durum, ulusumuzu yok olmuş gibi göstermektedir. - Milletin bağımsızlığını yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır. - Milletin içinde bulunduğu durum ve şartların gereğini yerine getirmek ve haklarını gür bir sesle dünyaya duyurmak için her türlü baskı ve kontrolden uzak milli bir heyetin varlığı zorunludur. - Bunun için, Anadolu’nun her bakımdan en güvenli yeri olan Sivas’ta milli bir kongrenin toplanması kararlaştırılmıştır. Bütün illerin her sancağından, parti farkı dikkate alınmaksızın, milletin güvenini kazanmış üç temsilcinin mümkün olan en kısa zamanda yetişmek üzere yola çıkarılması gerekmektedir.